Имхо, Какаши все делал правильно, зачем применять свою самую сильную технику и потом падать от недостатка чакры? Какаши ведь в самом начале совсем умирать не собирался. Вполне логично сначала попробовать какие-то менее чакроёмкие техники, благо к нему пришла подмога в лице Акамичей, да и мозги у Какаши работают хорошо. Применив Какаши МШ сразу, он бы быстро выдохся и стал бы легкой добычей для Пена, да и вообще, где вероятность, что Пейн не юзал клона? По поводу того, что юзание МШ вредно влияеет на организм Какаши - имхо, оно просто требует чертовски много чакры, а вредные последствия это только "фишка" Учих.